Программе через командную строку можно передавать путь до дерева заметок, которая будет открыта при запуске программы. Например:
outwiker.exe "C:\temp\samplewiki"
или
outwiker.exe "C:\temp\samplewiki\__page.opt"
Если дерево заметок должно быть открыто в режиме "только для чтения", нужно добавить параметр --readonly или -r:
outwiker.exe "C:\temp\samplewiki" --readonly
или
outwiker.exe "C:\temp\samplewiki" -r