מערכות הפעלה אחרונות סיפקו את היכולת לבצע הפרדת גרסאות. תכונה זאת מאפשרת ל- PHP 3 ול- PHP 4 לרוץ כמודולים בו-זמנית בשרת Apache יחיד.
תכונה זאת נבדקה על הפלטפורמות הבאות:
על מנת להפעיל זאת, הגדר PHP3 ו- PHP4 להשתמש ב- APXS (--with-apxs) ותוספות הקישורים החיוניים (--enable-versioning). אחרת, הוראות ההתקנה הרגילות יחולו. לדוגמא,
<div dir="ltr"> $ ./configure \ --with-apxs=/apache/bin/apxs \ --enable-versioning \ --with-mysql \ --enable-track-vars </div>